После того, как Нео поймал падающую Тринити, он стал доставать у нее из груди пулю, для чего приблизил Тринити вплотную к себе. Когда вид переключается на «матричный код», мы видим, что Тринити лежит горизонтально; но когда камера переключается обратно – Нео прижимает Тринити к себе.

Во второй части «Матрицы» агенты стреляют из тех же пистолетов, что и в первой – Дезерт Игл, калибра .50. В сцене погони на машинах агент делает несколько выстрелов по двери, за которой сидит Тринити. На самом деле, выстрел из Дезерт Игла прошел бы не только через дверь, но и через Тринити, и пуля спокойно бы ранила Морфеуса.

В сцене, когда куча Агентов бросается со всех щелей на Нео, мы можем видеть, что некоторые из них выбегают через дверь. Однако в одном кадре дверь открывается в левую сторону, в то время как в другом кадре (сверху) эта же дверь открывается вправо.

В первой части фильма нам рассказывают, что постоянная облачность погубила на планете всю жизнь. Интересно, почему Нео сотоварищи так спокойно выходят из своего корабля наружу, ведь на планете не должно быть воздуха – растения-то погибли!..

В сцене, когда Нео разговаривает с Агентом в парке, где до этого беседовал с Предсказательницей, мы можем ясно увидеть в очках Агента отражения кинокамеры на треножнике, осветительные приборы и прочую киношную аппаратуру.

В сцене погони, когда Кадиллак Тринити толкает полицейскую машину с Агентом на бочки с водой, становится ясно видно, что Агент при столкновении исчезает из машины. Он не мог просто перейти в другое тело – тогда все равно на месте водителя остался бы настоящий полицейский.

В этой же сцене, после того, как Агент в полицейской машине толкает Кадиллак, одной из боковых зеркал с хрустом отваливается. Однако в последствии, когда Тринити съезжает с дороги по боковому пути, мы видим оба боковых зеркала в целости и сохранности.

В сцене погони на хайвее номер на машине Тринити меняется с «DA 2003» на «DA 203» и обратно с разными интервалами.

В сцене, когда Нео дерется с приспешниками француза из ресторана, в конце схватки он наносит удар мечом по одному мужику. Но если присмотреться – меч на самом деле не задевает его, а проходит аккурат под рукой.

Рана на правой руке Тринити исчезает и появляется вновь на протяжении всей сцены погони.

В той же сцене погони, когда Агент прыгает на машину, и она переворачивается и падает на крышу, мы видим, что на самом деле в машине никого нет!

Когда камера облетает трейлер, на котором сражается Морфеус, нигде не видно меча, который он воткнул в контейнер.

В сцене на хайвее, когда полицейские машины только выезжают на дорогу – это Chevrolet Caprices. Когда они начинают преследовать Кадиллак Тринити – это уже Chevrolet Impalas. Однако когда они начинают «бодать» Кадиллак – то превращаются в Chevrolet Caprices обратно!

Когда Морфеус рубает мечом машину Близнецов, а затем стреляет в нее, мы видим, что он находится достаточно близко – в каких-нибудь трех метрах от машины. Однако, когда отъезжающая камера показывает нам взрыв, мы видим, что Морфеуса больше нет на его месте. Он появляется гораздо дальше, и выглядит каким-то плоским и прозрачным.

Во время погони камера, расположенная за плечом одного из близнецов, показывает, как он, целясь в Кадиллак Тринити, направляет дуло автомата слева направо. Однако микроавтобус, оказавшийся на линии огня, уже весь продырявлен – задолго до того, как до него долетели пули Близнеца!

Когда Архитектор разговаривает с Нео, его «бабочка» (т.е. какой-то узелок, идущий с одного края воротника к другому) вдруг спадает с левого воротника (правая сторона экрана). Секундой позже «бабочка» оказывается на своем месте.

На крупном плане, когда два грузовика несутся навстречу друг другу, ясно различима линия начала/конца автомобильного потока, за которой – пустая дорога!

Когда Морфеус рубает мечом автомобиль Близнецов, крупным планом нам показывают их переворачивающуюся машину, причем на мосту, где все происходит, не видно боковых поручней и парапетов. Секундой позже на другом кадре поручни стоят на месте.

Когда Тринити сворачивает с хайвея на боковой путь, камера внутри машины показывает, что дверь автомобиля заперта. Затем, на виде вне машины видно, что дверь не заперта. Такие метаморфозы с дверью происходят на протяжении всей гонки на хайвее.

Когда Архитектор Матрицы разговаривает с Нео, он держит в правой руке серебряную ручку. При приближении мы видим, что ручка – производства LAMY, покрыта палладиумом, а посередине ручки – кнопка. На других кадрах – совершенно другой карандаш, гораздо более тонкий.

В сцене, когда Нео встречается с Пифией, на разных кадрах ее рука расположена то рядом с виском, то около нижней челюсти.

В сцене погони на хайвее есть момент, когда Тринити, развернув свой мотоцикл, устремляет его прямо в камеру (камера в этот момент начинает отъезжать). Если внимательно присмотреться под переднее колесо мотоцикла, то можно заметить, что линии разметки под колесом двигаются со скоростью 5-10 миль в час, в то время как сам мотоцикл несется с бешенной скоростью.

В той же сцене на хайвее, когда Морфеус, зацепившись за меч-катану и повиснув между двух трейлеров, хватает Хранителя Ключей и закидывает его на грузовик, - как только старик приземляется, можно заметить, что вместо Морфеуса – явный каскадер!

Когда Тринити и Хранитель Ключей сигают с грузовика, можно заметить, что прыгающий «хранитель» гораздо выше и тоньше «настоящего» актера.

Когда один из Близнецов начинает стрелять в окно проезжающей машины, дырки в стекле появляются не синхронно с выстрелами.

В той же сцене погони в одной из переворачивающихся машин отсутствует водитель!

В конце разговора Оракула с Нео, когда Пифия встает со скамейки, она обращается к Нео, как будто он тоже встал. Но на следующем кадре ясно видно, что Нео сидит, а Пифия продолжает разговаривать с кем-то поверх его головы!

Знак, который Ное выдрал из земля, дерясь с сотней Агентов, на самом деле должен быть пустым. Однако на стоп-кадрах ясно видно, что он не полый.

На хайвее, когда один из Близнецов исчезает, чтобы вновь появиться в машине своего «брата», сиденье, в которое он вваливается, прогибается задолго до того, как он на него сел!

Как и в первом фильме, на пулях, которые Нео останавливает в воздухе, не видно борозд и полос от прохождения через ствол.

В сцене погони, когда Агент прыгает на капот машины, а затем – с капота, машина начинает переворачиваться. На первых кадрах за машиной виднеется бак с газом, на остальных – танкера уже нет!

В сцене, когда Нео дерется с телохранителем Пифии и находится на средней скамейке, чашки, сбитые им со стола, периодически исчезают и появляются вновь.

В сцене погони, Близнецы производят очень много выстрелов по лобовому стеклу автомобиля, в котором едут Тринити и Морфеус. Однако каждый раз камера изнутри показывает, что никаких повреждений – даже царапин! – на лобовом стекле нет!